Существуют различные варианты подписания документов PDF с помощью ЭЦП. Любые типы документов можно подписывать с помощью программы КриптоАРМ. В статье на сайте Подписание документов PDF со штампом рассмотрено создание электронной подписи в Windows с помощью программы КриптоПро PDF:
В настоящее время я изучил подписание документов только в Windows. Если у кого есть аналогичные материалы для Astra Linux, то прошу поделиться.